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试剂驱动系统
DNA合成仪一般采用一定压力的惰性气体（氩气）或氮气和电磁阀组驱动液体试剂，或用氦气驱动试剂。有些合成器使用滑块系统和精密蠕动泵，但不使用气体作为驱动系统。使用气体和电磁阀驱动液体试剂时，先将管路系统电磁阀前部压力和试剂瓶组加压至规定气压，通过合成管理软件或手动打开电磁阀（通常打开时间为几毫秒），即可以将液体试剂驱动到所需的合成柱。
试剂和基瓶组
DNA合成仪一般需要碱瓶组和试剂瓶组。试剂瓶组一般至少6个，包含脱保护剂（Deb）、活化剂（act）、封盖剂A（capA）、封盖剂B（capB）、氧化剂（OXI）和洗脱乙腈（ACN），每台仪器一般多1-2个试剂瓶位用于合成特殊产品。基瓶组一般至少为4个标准基（A/C/G/T），同时使用2个或2个以上的特殊基瓶位，用于荧光标记等合成。
压力管道和输送管道
DNA合成仪的一般原理是需要保持内外气体的隔离，所以试剂瓶和基瓶都需要密封以保持一定的压力。目前所有的压力管道都使用直径为 1/16-1/8 英寸的聚四氟乙烯管。
每个瓶子都有一个氩气压力管和一个进入瓶盖塞的输送管。对于亚磷酰胺，1-8瓶的压力管也用作排气管。氩气管必须保持在液面以上，而输送管延伸到瓶底。当阀门正确设置和打开时，储液瓶上部空间被氩气加压，液体被推入输送管并流向目的地。
亚磷酰胺瓶尾气
除加压外，亚磷酰胺瓶由压力排气管排气。在将亚磷酰胺放入仪器之前，先用氩气排除空气进行净化。净化是通过输送管道输送气体。当气体被输送到瓶内时，空气通过压力排气管排出。这是由瓶子更换步骤自动完成的。废瓶是输送系统的低压侧，出口必须与大气相通。确保排气管通向通风柜。如果排气管堵塞，会产生背压，阻碍试剂和溶剂的输送。
送货电磁阀
试剂输送系统包括两个试剂阀块（8 个底座的仪器为 3 个）和 2 个或 4 个柱阀块。阀块控制气体和化学试剂流入色谱柱和出口。除亚磷酰胺和四唑外，试剂和溶剂同时输送到所有活化柱。当有多个激活的色谱柱时，通过自动调整每根色谱柱的输送时间来补偿流速的微小变化。每个 5 端口柱阀块将流出物引导至废液端口、DMT 收集端口或 DNA 收集瓶。它还控制用于去除或冲洗色谱柱和色谱柱阀块中的试剂的氩气。
辅助真空
为了阀块的正常运行，关键是隔膜形成一个小的圆顶间隙。每次打开电磁阀，抽吸泵为每个阀块提供辅助真空，辅助真空在隔膜内。螺线管形成在一侧，使得隔膜形成圆顶空隙。
合成柱
最初与载体（通常是 CPG）结合的核苷酸被填充在一次性柱中。除色谱柱外，还有2个固定过滤板和2个适配器。所有部件均由惰性材料制成。固定滤板由聚苯乙烯聚苯乙烯制成，固定在两端的盖子中。人口和出口都是母鲁尔（1uer）连接器，与仪器的路二士连接器配对。柱子是对称的（没有上下、前后），可以以任何方式连接到道路Erbdo接头。每列都用颜色编号，表示不同的起始核苷酸，以及一个带 * 的序列号。正常的流道从底部进入，CPG颗粒通过向上输送液体而上升并保持悬浮。溶剂和试剂的流速已设置为允许颗粒正确混合。
节流阀
试剂通过底部的鲁尔接头流入色谱柱。如果下部鲁尔接头未拧紧，则应在圆柱形玻璃流路节流阀上找到它。试剂通过流路节流阀中的小通道流入色谱柱。少量试剂会在流路节流阀中结晶，长时间会造成流路堵塞。
废物和废气
大多数化学试剂被运送到废液瓶中。废液瓶是一个空的 10L 聚苯乙烯容器，可以放在靠近合成器的地板上。将其放在附近低于仪器的工作台上。排气管将废气引至合适的排气装置，如通风柜
电导池
电导流该单元旨在测量每个 DNA 合成周期中释放的 DMT 阳离子的总电导。流通池由两个被间隙隔开的电极组成，间隙之间施加很小的电压。 DMT 阳离子在流经电导池时对电导率起作用。
（十一）电池
DNA合成仪一般都有锂电池，可以使用几年。当主电源断开时，所有合成参数被保留。这些参数包括存储的 DNA 序列、用户设置的周期、步骤和功能以及瓶子使用信息。如果合成时断电，合成会中断，只有在主电源恢复后才能重新开始合成。电池还将时钟保持在合成器内。
（十二）控制器
控制器引导并启动合成器的所有活动。其主要部分是软件、微处理器、显示屏、键盘及相关电子元件。软件控制合成的所有必要操作，并由微处理器解释和执行。该软件存储在插入在仪器背面的可移动存储卡中。合成信息显示在液晶屏上，通过选择键盘上的按键可以与仪器进行通讯。该软件是“菜单驱动的"。通过按下相应的键，可以选择一个并给出指令。为了完成自动合成，软件使用由一系列步骤组成的循环来完成所有化学反应。
